吉首大學于1986年開辦商科教育，1987年籌辦經濟管理系，2002年撤系建成商學院。

學院目前擁有全日制在校本科、碩士研究生2100余人。學院設有經濟學、工商管理、會計學、國際經濟與貿易4個本科專業;擁有工商管理、應用經濟學2個一級學科碩士點和中國少數民族經濟1個主建二級學科碩士點以及會計專業碩士點(MPAcc)。

目前，學院是中國科學院地理所吉首大學院士專家工作站主要建設單位，是學校“服務國家特殊需求博士人才培養項目——國家連片特困地區(武陵山區)生態扶貧人才培養項目”主要建設單位，是“武陵山片區扶貧與發展”湖南省普通高校“2011協同創新中心”和“民族地區扶貧與發展研究中心”湖南省專業特色智庫主要建設單位，是武陵山片區扶貧與發展協同創新中心博士后科研流動站協作研發中心主要建設單位。